• BERILMU - Mempunyai banyak ilmu
• BERAMAL - Melakukan sesuatu sebagai satu kebiasaan
• BERTAQWA - Takut dan taat pada perintah Allah SWT

Cogan kata Sekolah Menengah Sains Pokok Sena ialah "Berilmu, Beramal, Bertaqwa". Ia membawa maksud bahawa seorang penghuni sekolah ini perlu menimba seberapa banyak ilmu yang mungkin selama berada di sini. Setelah berilmu, mereka perlu mengamalkan segala ilmu yang diperolehi dengan cara yang betul. Individu yang berilmu dan mengamalkan ilmunya akan melahirkan insan yang bertaqwa kepada Allah SWT. Ia selaras dengan konsep SBP yang ingin melahirkan warga Sekolah Berasrama Penuh (SBP) yang cemerlang dalam semua aspek. Cogan kata Berilmu, Beramal, Bertaqwa melengkapi sifat warga impian SBP.